Pepe
Como en el caso de >>Paco nos encontramos ante una forma familiar de un nombre propio que no se origina a partir de una reducción, aunque sí tiene mucho que ver con una abreviatura.
Durante la Edad Media era normal que escritores y copistas al referirse a los santos los citaran, para mayor claridad de los lectores y para distinguirlos entre sí, con un apelativo referido a su origen o a algún hecho significativo de su vida. Muchos de éstos han llegado hasta hoy: Santiago Matamoros, san Juan (el) Bautista, Simón el Estilita, san Pascual Bailón... Así, cuando se citaba a san José, se le añadía el apelativo de Jesus Christi Pater Putativus, 'El padre putativo (adoptivo) de Jesucristo'. Siempre con la idea de ahorrar en el gasto del carísimo material sobre el que se escribía, generalmente papel, vitela o pergamino, los copistas recurrían con mucha frecuencia al uso de abreviaturas (>> ñ). San José se convirtió en JHS PP y más tarde en PP. Bastaba sólo añadir la vocal que compone el nombre de la letra, es decir, pronunciar las dos letras, para llegar al actual Pepe.
Diccionario del origen de las palabras